Entorno
A cidade toma o seu nome da gran baía na cabeceira do Lago Superior, coñecida no século XVIII como “Baie du Tonerre” (Baía do Trono en francés) nos mapas franceses, comerciaba grans e outros produtos do occidente canadense, pasando polos Grandes Lagos e a canle de San Lourenzo, ata a costa.
O nome da cidade é o resultado dun referendo, celebrado o 23 de xuño de 1969 para determinar o novo nome da cidade nacido da fusión de Fort William e Port Arthur.
O asentamento europeo en Thunder Bay comezou con dous postos franceses de comercio de peles (1679, 1717) que máis tarde foron abandonados. O asentamento permanente comezou en 1803 co establecemento de Fort William como centro comercial intermedio no continente pola Compañía do Noroeste.
En 1849 os xesuítas franceses fundaron a Misión da Inmaculada para evanxelizar aos ojibwas. A Provincia Unida de Canadá negociou un tratado cos Ojibwa do Lago Superior coñecido como o Tratado Robinson en 1850. Como resultado deste tratado, estableceuse unha reserva india independente ao sur do río Kaministiquia. En 1892 Port Arthur construíu o primeiro ferrocarril eléctrico urbano de propiedade municipal en Canadá, e ambas cidades rexeitaron a Bell Telephone Company de Canadá para construír o seu propio sistema telefónico municipal, en 1902.